Diversitas ikan karang kategori ikan target atau ikan ekonomis penting untuk konsumsi tercatat cukup tinggi, yaitu 99 jenis, yang tergolong dalam 18 famili (Lampiran 1), di antaranya kerapu (Serranidae) sebanyak 14 jenis, kakap (Lutjanidae) 12 jenis, lencam (Lethrinidae) 5 jenis, kuweh (Carangidae) 2 jenis, bibir tebal (Haemulidae) 5 jenis, kakatua (Scaridae) 8 jenis, biji nangka (Mullidae) 7 jenis, ekor kuning (Caesionidae) 6 jenis, kurisi (Nemipteridae) 4 jenis, makarel (Scombridae) 1 jenis, surgeonfish (Acanthuridae) 13 jenis, serta kakap putih (Kyphosidae) dan barakuda (Sphyraenidae) masing-masing 1 jenis.
Keberadaan ikan target, terutama jenis dari famili Serranidae, Siganidae, Lutjanidae, dan Carangidae, merupakan potensi perikanan tangkap dan kegiatan budi daya. Selanjutnya, dari hasil pengamatan, dijumpai individu ikan target dari yang berukuran kecil (juvenil) hingga berukuran besar (dewasa). Dijumpainya individu juvenil mengindikasikan bahwa proses rekrutmen berjalan dengan baik. Sementara melimpahnya individu dewasa memberikan informasi bahwa tekanan antropogenik yang bersifat eksploitasi terhadap ikan karang di perairan Kepulauan Togean tidak overfishing.
Salah satu jenis ikan ekonomis penting yang umum dan dijumpai melimpah adalah kerapu sunu (Plectropomus maculatus). Ikan jenis ini dijumpai di hampir semua stasiun pengamatan, dari individu yang berukuran kecil hingga besar. Berdasarkan pada wawancara dengan nelayan, mereka menyebut jenis ini kerapu sunu super, yang harganya cukup mahal (sekitar Rp300.000 per kg ikan hidup). Kerapu jenis lain yang dijumpai di perairan Kepulauan Togean (diketahui dari hasil tangkapan nelayan) yang harganya juga cukup mahal adalah kerapu sunu merah (Plectropomus oligacanthus). Ikan konsumsi jenis lain, ikan kakap jenis Lutjanus kasmira dengan kelimpahan yang tinggi (schooling) dijumpai diPulau Una-Una.
Ikan kakap jenis lain yang juga umum dijumpai adalah Lutjanus fulviflamma, L. gibbus, L. biguttatus, L. decussates, dan Macolor niger. Ikan ekor kuning dengan kelimpahan yang juga tinggi (schooling) dijumpai di hampir semua stasiun pengamatan, beberapa jenis yang tergolong dalam famili ini adalah Caesio cuning, Pterocaesio tile, P. pisang, dan P. chrysozona. Ikan konsumsi lain dengan kelimpahan yang juga tinggi adalah surgeonfish, baronang, barakuda, dan kakatua.
